Dla usprawnienia działalności misyjnej w Archidiecezji Krakowskiej, Ksiądz Kardynał Franciszek Macharski w 1986 roku powołał do istnienia Sekretariat Misyjny, działający przy Kurii Metropolitalnej, powierzając go opiece ks. dyrektora d/s misji; przez wiele lat funkcję tę pełnił ks. Jan Zając; od r. 1998 dyrektorem Papieskich Dzieł Misyjnych w archidiecezji krakowskiej jest ks. Tadeusz Dziedzic.

Od dnia 1 grudnia 1988 pracę w sekretariacie podjęły siostry klawerianki: s. Bożena Najbar (1988-1996), s. Joanna Niedbała (1996-1997), s. Magdalena Sypko (1997-2002), s. Kazimiera Serafin (2002-2008) i s. Barbara Zdunek (2002-2008). Od 2008 pracuje s. Bożena Najbar i od 2009 r. s. Mieczysława Duśko, którą w 2010 roku zastąpiła s. Elżbieta Sołtysik.